A competência da Justiça Federal para processar crimes ambientais apenas existe quando existe ofensa a algum interesse direto e específico da União.
Obs: A Súmula 91 do STJ, “Compete à Justiça Federal processar e julgar os crimes praticados contra a fauna”, encontra-se cancelada, já que não necessariamente existe esse interesse específico e direto da União nos crimes contra a fauna.
Para visualizar mais hipóteses, recomendo a leitura desse resumo no Blog Dizer o Direito:
https://www.dizerodireito.com.br/2017/03/competencia-para-julgar-crimes.html
Sobre o assunto, importante lembrar o tema 648 de Repercussão Geral do STF:
Compete à Justiça Federal processar e julgar o crime ambiental de caráter transnacional que envolva animais silvestres, ameaçados de extinção e espécimes exóticas ou protegidas por compromissos internacionais assumidos pelo Brasil.(Tema 648, RE 835558)